科學(xué)家呼吁全面開放共享新冠病毒基因組數(shù)據(jù)
56個(gè)新冠病毒基因組視圖。圖片來源：Martin Krzywinski/SPL
數(shù)百名科學(xué)家敦促公開共享新冠病毒基因組數(shù)據(jù)，以幫助分析變異病毒是如何在世界各地傳播的。
2020年1月以來，研究人員在網(wǎng)上發(fā)布了大量的新冠病毒基因組序列。最受歡迎的數(shù)據(jù)共享平臺(tái)GISAID擁有超過45萬個(gè)病毒基因組，世界衛(wèi)生組織首席科學(xué)家Soumya Soumya Swaminathan稱GISAID是大流行的“游戲規(guī)則改變者”。但歐洲生物信息學(xué)研究所(EBI)所長(zhǎng)Rolf Apweiler認(rèn)為，GISAID不允許公開分享序列，阻礙了科學(xué)家進(jìn)一步了解新冠病毒和迅速增加的新變種。
Apweiler說：“新冠病毒測(cè)序數(shù)據(jù)的公開對(duì)于迅速應(yīng)對(duì)人類在很長(zhǎng)一段時(shí)間內(nèi)面臨的最大健康威脅至關(guān)重要�！�
在1月29日發(fā)表的一封信中，Apweiler和其他人呼吁研究人員將他們的基因組數(shù)據(jù)發(fā)布在一個(gè)不限制數(shù)據(jù)再分配的三元數(shù)據(jù)庫中：美國(guó)的GenBank、EBI的歐洲核苷酸檔案庫和日本的DNA數(shù)據(jù)庫，該組織統(tǒng)稱為國(guó)際核苷酸序列數(shù)據(jù)庫協(xié)作組織(INSDC)。
任何人都可以匿名訪問INSDC的數(shù)據(jù)，并可以隨意使用，但GISAID要求用戶確認(rèn)身份，并同意在未經(jīng)數(shù)據(jù)提供商許可的情況下不重新發(fā)布網(wǎng)站的基因組。這意味著，以GISAID數(shù)據(jù)為基礎(chǔ)的研究不能發(fā)布完整的數(shù)據(jù)，如創(chuàng)建進(jìn)化樹、分析新冠病毒變種之間的關(guān)系的研究。
這封信說，科學(xué)界應(yīng)該“消除限制有效數(shù)據(jù)共享的障礙”，但是沒有具體提到GISAID。該協(xié)議由500多名科學(xué)家簽署，其中包括2020年諾貝爾化學(xué)獎(jiǎng)得主Emmanuelle Charpentier和英國(guó)新冠肺炎基因組學(xué)聯(lián)盟負(fù)責(zé)人Sharon Peacock。
許多與GISAID合作的研究人員認(rèn)為，GISAID的訪問條款有一個(gè)好處：鼓勵(lì)猶豫不決的研究人員在網(wǎng)上快速分享數(shù)據(jù)，而不用擔(dān)心其他人會(huì)在沒有信用的情況下使用這些結(jié)果。
新加坡科學(xué)技術(shù)研究局生物信息學(xué)家Sebastian mauer - stroh表示：“這么多實(shí)驗(yàn)室向GISAID提供新冠病毒基因組的原因，正是因?yàn)橄拗乒_再分享的數(shù)據(jù)獲取協(xié)議�！彼f，GISAID已經(jīng)與許多實(shí)驗(yàn)室合作，幫助它們共享數(shù)據(jù)。
法國(guó)國(guó)家衛(wèi)生和醫(yī)學(xué)研究所疫苗研究員Marie-Paule Kieny認(rèn)為：“這個(gè)問題不僅與科學(xué)有關(guān)，還與主權(quán)和公平有關(guān)�！彼硎�，GISAID對(duì)新冠病毒序列數(shù)據(jù)的快速流動(dòng)具有最大影響，因?yàn)閮?chǔ)存序列的科學(xué)家可以相信，他們的權(quán)利將得到數(shù)據(jù)用戶的尊重。
國(guó)際衛(wèi)生部?jī)和】笛芯炕饡?huì)微生物學(xué)家Senjuti Saha表示，她贊賞呼吁開放數(shù)據(jù)，但她擔(dān)心這可能會(huì)進(jìn)一步阻止低收入和中等收入國(guó)家的研究人員在分析數(shù)據(jù)之前上傳數(shù)據(jù)。
Kieny說：“在我看來，這封信像是來自歐洲和高收入國(guó)家的一項(xiàng)倡議，它們沒有充分了解確保資源匱乏國(guó)家接受自由分享序列的關(guān)鍵需求，以便最大限度地發(fā)揮新冠病毒等病原體測(cè)序的公共衛(wèi)生影響。”
歐洲核苷酸檔案庫負(fù)責(zé)人Guy Cochrane說，EBI意識(shí)到有關(guān)數(shù)據(jù)和利益分享的全球問題，并積極參與尋找利益分享機(jī)制，以增強(qiáng)南半球國(guó)家的能力并保持?jǐn)?shù)據(jù)的開放。但他說，即使是資源充足的歐洲國(guó)家也可以在公開分享數(shù)據(jù)方面做得更多。
