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科學(xué)家揭示蛋白質(zhì)折疊構(gòu)象過程

2024年05月21日 17:20:54 來源:科技日報(bào) 作者:張佳欣

  據(jù)發(fā)表在20日《美國國家科學(xué)院院刊》上的一項(xiàng)最新研究,美國科學(xué)家通過將數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為聲音,揭示了氫鍵是如何在極短時間內(nèi)促成蛋白質(zhì)構(gòu)象,并將氨基酸轉(zhuǎn)化為功能性折疊蛋白質(zhì)的過程,為研究蛋白質(zhì)從未折疊狀態(tài)到折疊狀態(tài)時發(fā)生的氫鍵事件序列提供了獨(dú)特視角。

  為更好了解蛋白質(zhì)折疊是如何進(jìn)行的,科學(xué)家必須首先確定一串氨基酸如何在細(xì)胞的水環(huán)境中轉(zhuǎn)變?yōu)樽罱K形式。這一變化過程其實(shí)發(fā)生得非?,大約在70納秒到2微秒之間。

  氫鍵的本質(zhì)是半徑小又帶正電的氫原子靠得很近時所產(chǎn)生的吸引力。這種相對較弱的吸引力能將蛋白質(zhì)中不同氨基酸上的原子排列在一起。折疊蛋白質(zhì)將在其內(nèi)部形成氫鍵,也與其周圍的水分子形成一系列氫鍵。在此過程中,蛋白質(zhì)會不斷嘗試不同的構(gòu)象,這些構(gòu)象都是蛋白質(zhì)在形成最終3D結(jié)構(gòu)過程中的“中間形態(tài)”。在達(dá)成最終構(gòu)象途中,蛋白質(zhì)有時會進(jìn)入“死胡同”,然后它會倒退,直到偶然發(fā)現(xiàn)另一條路。

  為此,研究人員想到將數(shù)據(jù)聲音化。這是一種將分子數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為聲音的方法,這樣他們就可以“聽到”氫鍵的形成。他們編寫了一個軟件程序,為每個氫鍵分配一個獨(dú)特的音調(diào)。如果出現(xiàn)正確的氫鍵形成條件,則軟件程序播放與過程對應(yīng)的音調(diào)?偠灾,該程序按順序跟蹤了數(shù)十萬個單獨(dú)的氫鍵形成過程。

  大量研究表明,音頻在人腦中的處理速度大約是視覺數(shù)據(jù)的2倍,而且與用視覺表示的相同序列相比,人類能夠更好地檢測和記住一系列聲音中的細(xì)微差異。

  研究人員表示,將水分子包括在模擬和氫鍵分析中是理解這一過程的關(guān)鍵。通過聲學(xué)實(shí)驗(yàn),他們真正了解了水分子是如何進(jìn)入蛋白質(zhì)正確位置,以及它們?nèi)绾螏椭鞍踪|(zhì)改變構(gòu)象,最終使其完成折疊的。

[編輯: 王航飛]
(本文來源:科技日報(bào))
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